Les virus sont des «choses» très étonnantes. Ils ne sont toutefois pas tous responsables de maladies plus ou moins graves. Certains rendent même des services à l’homme. Jacques Le Pendu, directeur de recherche Inserm* en immunologie-virologie à l’université de Nantes, fait le point sur ces «entités» plus petites qu’une bactérie…
Tous les êtres vivants descendent d’un seul et même ancêtre commun qui vivait sur Terre il y a trois à quatre milliards d’années. Nommé LUCA, ce dernier ancêtre commun a donné naissance aux grandes branches du vivant. Les biologistes les classent en trois règnes: les archées, les bactéries et les eucaryotes.
L’être humain, la grenouille et le grain de riz, la fleur et le champignon… nous sommes tous des eucaryotes. Nous sommes des composés de cellules dotées d’un noyau, contrairement aux bactéries et aux archées qui n’en possèdent pas.
Où peut-on classer les virus? Font-ils partie du vivant?
Jacques Le Pendu: On ne peut classer les virus dans aucune des familles de cellules vivantes, même si l’on peut dire que les virus remontent eux-aussi à des temps très anciens. Mais la communauté scientifique débat encore aujourd’hui au sujet du caractère vivant ou non de ces «entités». Tout dépend en fait de la définition que nous donnons au vivant.
On peut néanmoins dire que ce sont des entités biologiques qui ont nécessairement besoin d’entrer dans une cellule vivante et de détourner la machinerie de cette dernière pour se répliquer, se reproduire. À l’extérieur d’une cellule hôte vivante, le virus est incapable de se reproduire. Mais il existe, en revanche, des virus capables d’infecter n’importe quel type de cellule ou d’être vivant.
On peut donc dire que le monde vivant est contaminé par les virus depuis ses tous débuts, vraisemblablement depuis le fameux LUCA. Les virus sont aussi les entités les plus nombreuses du monde vivant.
Pendant longtemps, on n’a connu les virus que par les maladies qu’ils causaient. Mais grâce au séquençage génétique moderne, on sait maintenant qu’ils sont présents partout. L’eau des rivières, l’océan, notre lit sont pleins de virus. Ils sont partout mais l’écrasante majorité des virus n’est pas pathogène. Ils sont inoffensifs pour nous.
Existe-t-il des virus qui nous rendent des services?
Jacques Le Pendu: Il semblerait en effet que les virus nous rendent des services. Ils peuvent infecter les bactéries qui prolifèrent dans notre organisme, ce qu’on appelle le microbiote, et ainsi réguler leur population.
Les virus peuvent également participer à l’éducation de notre système immunitaire. On sait par exemple que chez les souris de laboratoire élevées en conditions stériles, donc sans leur microbiote, un seul virus peut éduquer le système immunitaire et éviter les maladies inflammatoires de l’intestin. Un seul virus peut remplacer toutes les bactéries d’un microbiote.
Les virus peuvent-ils évoluer et s’adapter?
Jacques Le Pendu: Oui, les virus évoluent mais à des vitesses variables. Surtout les virus à ARN** qui ne disposent pas d’un système de correction lors de la réplication du génome. Quand une cellule se réplique, se reproduit, il peut y avoir des fautes, un peu comme nous, lorsque nous recopions un texte.
Ces erreurs permettent aux virus d’évoluer et de s’adapter. Le SARS CoV-2 Covid-19, le coronavirus, est un virus à ARN. Par conséquent, il mute mais pas tant que ça en fait. Et beaucoup moins que le virus influenza qui est le virus de la grippe saisonnière. Le Coronavirus possède un système de correction des fautes contrairement à la plupart des autres virus à ARN
Le fait que le Covid-19 mute très peu est une chance pour le développement d’un vaccin mais, en revanche, ça l’est moins en ce qui concerne la recherche d’un traitement. Certains traitements antiviraux visent à bloquer la réplication du virus en introduisant des analogues des bases constituantes du génome viral. Ce sont des sortes de fausses pièces de construction. Or grâce à son système de correction, le coronavirus parvient à éliminer ces molécules fautives, il est difficile de le neutraliser sur ce terrain.
Quelle est l’espérance de «vie» d’un virus hors d’une cellule hôte?
Un virus sans hôte ne se reproduit pas. De ce fait, sur une surface quelconque, sa quantité ne peut pas augmenter, contrairement aux bactéries, par exemple. Mais combien de temps restent-ils infectieux? C’est difficile à dire.
Comparé au virus de la gastro-entérite, on peut dire que le coronavirus est moins résistant. Tout cela dépend en fait de l’enveloppe qui recouvre le virus. Certaines enveloppes sont plus résistantes que d’autres à l’eau, à l’alcool et aux détergents. Le coronavirus résiste mal à l’alcool et à l’eau, c’est une bonne nouvelle.
Mais il faut aussi savoir que les virus s’accrochent un peu partout, sur des particules diverses et variées. Tout objet ou personne au contact d’un virus est donc potentiellement contagieux.